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VR-4122のマニュアルに RFUなる言葉が多用されていますが，何の略でしょうか？

RFUは　Reserved for Future Use　の略です。

アプリケーション・ノートに、 CP0レジスタの ウォッチLoレジスタ(18) の初期化をロード／ストア命令の前に実行しないと、 ウォッチ例外が発生する可能性があると記述がありますが、 プログラム・サンプルでは LI命令等が初期化前に記述されています。 どうすればよいのですか？

ウォッチLoレジスタ と ウォッチHiレジスタ が示す物理アドレスのデータに対して ロード／ストア命令を実行すると、ウォッチ例外を発生します。
リセット時にこれらのレジスタの内容は不定となるので、 初期化前にロード／ストア命令を実行すると、 この不定値を物理アドレスとしてデータをアクセスすることになり、 ウォッチ例外が発生する可能性があります。
したがって、初期化プログラムの初段で ウォッチLoレジスタ を初期化してください。

HALTimerのリセットをするのに PMUCNTREGレジスタへのアクセスが必要ですが、 このレジスタは BCUを初期化しないとアクセスできないのですか？

このレジスタのアクセスには、BCUの初期化は不要です。