VRC4173..( uPD31173：VR4100用コンパニオン・チップ )

VR4122コンパニオン・チップ(VRC4173)の USBUを使用しない場合、48MHzクロックの入力は不要でしょうか？ 　また、そのときの 48MHzクロック入力ピン処理方法は、任意のレベルに固定が可能でしょうか？

はい、USBを使わない場合、48MHzは不要です。
クロック入力ピンの処理は不要ですが、ソフトの対策が必要です。 発振停止および 48MHzクロック・マスクの設定を行ってください。 具体的には、CMUCLKMSK(base+0x40) のレジスタにある、MSK48MOSCとMSK48MPINとMSK48MUSBを0セットしてください。
また、48MHzクロックは VR4122のFIR基本クロックになっています。FIRを使用する場合は発振/供給が必要です。

VR4131と接続する PCI信号のうち FRAME# などは、外部プルアップが推奨されています。
VR4131の MPOWER信号で VRC4173の電源を制御する場合、 VR4131の電源が ONになってからVRC4173の電源が ONになると思います。
この場合プルアップは、「VR4131の VDD3」と「VRC4173の VDD3」のどちらに接続すべきでしょうか？

PCIバスは VRC4173の電源でプルアップしてください。
MPOWER信号で VRC4173の電源を制御すると、VR4131が Hibernateモードのときに、VRC4173 の電源を OFFにすることになります。
VR4131の 3.3V系は常時ONとなるため、Hibernate時に VRC4173の絶対最大定格を越えてしまいます。