CAN

uPD780701Yで、以下の設定値は可能でしょうか？ また実現可能ならその時のシステム・クロック値も教えてください。

CANバス・タイミング・パラメータ
Time Quanta                 1000ns
Synchronization Jump Width  3000ns
Sampling mode               1回

はい、これらの設定は可能です。
6MHzのシステム・クロックで、BRPRS=2に設定して 1/6 にすることで、1000nSの Time Quantaが選択できます。 SYNC0と SYNC1でデータ・ビット時間を 8、同期ジャンプ幅 3、サンプル点 5 の設定にすれば可能です。

拡張フレームに対応した CAN2.0 (Bosch仕様2.0パートB)でしょうか？

はい、そうです。

連続11ビットのリセッシブを 128回検出した場合送信を自動で再開できるでしょうか？ 初期化が必要なのでしょうか？

初期化は必要ありません。 連続11ビットのリセッシブを 128回検出した場合にはエラー・アクティブ状態となり、送受可能な状態となります。

他社製品では SAE-J1850プロトコル準拠(CLASS B)と表記されておりますが、 NECのマニュアルでは J1850 (CLASS 2)と表記されております。 呼称の違いだけで、機能は同じなのでしょうか。

CLASS A〜Cはスピードにより分類した区分で、CLASS Bが J1850になります。 J1850はさらに通信方式により、GM向け(CLASS2)、Ford向け、クライスラー向け(CLASS2＋IFR)に区分できます。 つまり、uPD780833に内蔵しているのは CLASS B の中の一部の規格となります。
従って、CLASS B と言うご希望ですと、カバーできる範囲が異なる可能性があります。 簡単には置き換えができませんので必要な仕様を明確にしたうえで、ご利用頂けるかどうかご検討ください。